R 101 | Các thư viện mình hay dùng

Thư viện (package) trong R cũng giống như những bộ công cụ giúp chúng ta làm việc trên R dễ dàng hơn. Sau đây là các thư viện mình hay dùng theo các nhóm chức năng.

Tải/lưu dữ liệu:

• readr: tải dữ liệu dạng bảng như các file có đuôi .csv, .txt, hoặc file R như .rds. readr cũng có các hàm để lưu dữ liệu ở các định dạng khác nhau

• readxl: đọc dữ liệu Excel (.xls, .xlsx)

• writexl: lưu dữ liệu Excel (.xls, .xlsx)

Xử lý dữ liệu:

• Dữ liệu dạng bảng

  • tidyr: tạo dữ liệu dạng bảng

  • dplyr: xử lý dữ liệu với các hàm như summarize() (tổng hợp), group_by() (nhóm), filter() (lọc theo hàng), select() (lọc theo cột), …

  • lubridate: xử lý dữ liệu dạng ngày tháng

  • stringr: xử lý dữ liệu dạng chuỗi ký tự/chữ (string)

• Dữ liệu không gian

  • sf: xử lý dữ liệu không gian dạng vector

  • stars: xử lý dữ liệu không gian dạng raster. Ngoài stars thì còn có terra cũng rất tốt nhưng mình thích dùng stars hơn vì có thể tương tác trực tiếp với dữ liệu vector được xử lý bằng sf

Phân tích dữ liệu:

• lme4: phân tích mô hình hỗn hợp (mixed-effects model)

• glmmTMB: phân tích mô hình hỗn hợp, tương tự như lme4, nhưng có một số cấu trúc mô hình phức tạp hơn

• MuMIn: so sánh mô hình được xây dựng từ thư viện lme4 và glmmTMB

• INLA hoặc sdmTMB: phân tích mô hình không gian và/hoặc thời gian. sdmTMB là một thư viện mới hơn so với INLA và được đánh giá có thời gian chạy mô hình ngắn hơn nhiều so với INLA.

• TMB và RTMB: xây dựng mô hình không có sẵn trong các thư viện ở trên, ví dụ mô hình phát triển (growth model) như von Bertalanffy’s, Lester’s, hoặc Quince’s models. Mình dùng RTMB để phát triển mô hìnhvì TMB dùng code C++, nhưng mình dùng TMB khi chạy mô hình vì nhanh hơn.

Trực quan hóa dữ liệu

• ggplot2: trực quan hóa (hầu hết) tất cả các dạng dữ liệu

• patchwork: tổng hợp các đồ thị tạo bởi ggplot2 vào với nhau

• tmap: trực quan hóa dữ liệu không gian

• effects: trực quan hóa kết quả phân tích từ lme4 và glmmTMB

• sjPlot: trình bày dữ liệu hoặc kết quả phân tích ở dạng bảng